La chiesa di S. Crisogono in Trastevere è una basilica del XII secolo, costruita sopra un’altra del V secolo. Crisogono non è un martire romano ma un importante martire di Aquileia, che sarebbe stato ucciso durante la persecuzione di Diocleziano. La sua venerazione arriva a Roma almeno nel V secolo, e questa parrocchia o “titulus” in Trastevere è conosciuta sotto questo nome almeno dal 499.

La chiesa antica, che si può ancora visitare sotto la chiesa medievale, è stata scavata all’inizio del XX secolo. La chiesa riusa le strutture di una casa privata del secondo secolo, poi ricostruita nel quarto, in cui qualcuno ha voluto vedere un primo luogo di culto cristiano. Il riuso delle strutture della casa spiega la forma strana della chiesa, a navata unica con un’abside a ferro di cavallo affiancata da un battistero. Questa chiesa ha avuto una vita lunga, e conserva pitture dal VI al IX secolo. Viene sostituita dalla basilica attuale dal Cardinale Giovanni da Crema nel 1123. Già nell’ottavo secolo un monastero viene ad affiancare la chiesa.

L'attuale basilica di San Crisogono si deve al Cardinale Scipione Borghese, che nel '600 ne ordinò la sistemazione a Giambattista Soria, dopo i ritocchi voluti dal Cardinal Giovanni da Crema. Nel 1480, Sisto IV affida la parrocchia ai carmelitani, ma dal 1847 la chiesa viene amministrata dai Padri Trinitari.