Un tempo la Quaresima iniziava dalla basilica di San Giovanni, la cattedrale di Roma. Ora il pellegrinaggio stazionale torna più volte nella chiesa.

La storia di questa Arcibasilica è quanto mai complessa, tra costruzioni, distruzioni, incendi, terremoti, invasioni e attentati ed altrettante ricostruzioni e restauri. 

Prima ancora dell'editto di Milano Papa Melchiade curò la costruzione della grande basilica costantiniana consacrata nel 318  fino all'attuale commissionata dal Papa Innocenzo X al Borromini per il giubileo del 1650.  Qui abitarono i Papi fino all'inizio del periodo avignonese (1304).

Anche questa chiesa, la prima nella diocesi di Roma, in anni recenti compresi tra il 1980 e il 1990 subì danneggiamenti gravi a causa di un attentato dinamitardo, che contemporaneamente fu compiuto anche in un altro tempio romano quello di S. Giorgio al Velabro.