Il Cardinale Nicora, tra i padri del Concordato del 1984

Nel 1992 Papa Giovanni Paolo II lo ha nominato Vescovo di Verona.

Dal 1997 al 2002 torna alla CEI per occuparsi anche del Concordato come Delegato della Presidenza per le questioni giuridiche, canoniche e concordatarie.

Nel 2002 Giovanni Paolo II lo nomina Presidente dell'Amministrazione del Patrimonio della Sede Apostolica. Nel Concistoro del 2003 è annoverato nel collegio cardinalizio, della diaconia di San Filippo Neri in Eurosia, elevata a titolo presbiterale nel 2014.

Nel 2006 Benedetto XVI gli affida anche l’incarico Legato pontificio per le basiliche di San Francesco e di Santa Maria degli Angeli ad Assisi. Nel 2011 diventa Presidente della Autorità Informazione Finanziaria.

Ha preso parte ai conclavi del 2005 e del 2013.

Nel 2014 Papa Francesco accoglie la sua rinuncia da presidente dell’AIF per raggiunti limiti di età.