I Papi seguirono i lavori, e dopo il Sacco di Roma il Papa Clemente VII restituì il denaro preso dal santuario per pagare la sua liberazione dalla prigionia e nel 1533 si recò a Loreto.
Tutti i papi dedicarono energie a Loreto. Sisto V separò la diocesi da Recanati e diede a Loreto un territorio diocesano ampio e una rendita cospicua.
Uno dei problemi più ricorrenti era il rapporto tra Recanati e Loreto si a livello civile che religioso, una querelle che si risolse in parte con la creazione della Congregazione Lauretana nel 1698.
Benedetto XIII elevò la chiesa lauretana basilica e il suo successore proseguì i grandi lavoro del loggiato affidandolo a Vanvitelli. Benedetto XIV rivide anche l’ordinamento della basilica. Fece editare tutte le risoluzioni della Congregazione. Clemente XIII nel 1763 pose sotto la giurisdizione della Santa Casa i corazzieri che difendevano santuario e litorale.
Pio VI sostò a Loreto andando a Vienna e tornando a Roma nel 1782.
Il tesoro di Loreto fu saccheggiato durante i moti rivoluzionari, la statua della Madonna venne rubata e restituita solo dopo un concordato. Papa Chiaramonti volle che la statua sostasse prima di far rientro a Loreto nella cappella del Quirinale a San Salvatore in Lauro.
Era il 3 dicembre del 1802 quando una vettura papale scortato da un drappello di dragoni riportò la statua a Loreto.
I francesi non toccarono più la immagine e Pio VII potè andare pellegrino a Loreto tornado dalla sua prigionia.
La restaurazione portò nuova vita al santuario e alla cittadina di Loreto. Il collegio Illirico aveva un nuovo edificio.
Leone XII, Papa marchigiano aveva affidato la cura del santuario ad un prelato di curia in quelità di commissario apostolico e restituì alla Congregazione le sue prerogative in materia giudiziaria.
Pio IX, marchigiano e devotissimo della Madonna di Loreto fin da ragazzo tanto che aveva fatto voto a Maria di diventare sacerdote se lo avesse guarito dalla epilessia di cui soffriva a seguito di una caduta. E a Loreto riconobbe il primo posto tra tutti i santuari.
In modo quasi miracoloso dopo la unità d’ Italia il patrimonio della Santa Casa non fu incamerato ma messo sotto una speciale regia amministrazione. Così la Congregazione arricchita da Leone XIII di indulgenze e privilegi. Negli anni successivi la Congregazione Lauretana nonostante i benefici dei Papi venne poi annessa alla Congregazione del Concilio. Sparì con il codice di diritto canonico del 1917, ma il suo ruolo era stato fondamentale e indicò anche le possibilità per il futuro.
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Nel 1920 la Madonna di Loreto fu scelta come patrona degli aviatori. Ma nel 1921 un incendio distrusse la statua tanto venerata che era conservata nella Santa Casa. Pio XI ne volle subito una nuova. Nel Concordato l’articolo 27 fece si che la Santa Casa passasse sotto l’autorità del Papa che nominò amministratore apostolico il cardinale Francesco Borgongini Duca e ai cappuccini affidò la cura pastorale del santuario.
Si arriva ai tempi d’oggi. Papa Giovanni scelse Loreto per pregare per la buona riuscita del Concilio Vaticano II, Paolo VI spesso pellegrino prima del pontificato riceveva spesso le “ Cappelle Musicali” di Loreto.
Giovanni Paolo II scelse Loreto per la Grande preghiera per l’ Italia e visitò il santuario cinque volte, l’ultima pochi mesi prima di morire il 5 settembre del 2004 per un incontro con i giovani nella spianta di Montorso.
Benedetto XVI nel 2007 di nuovo volle incontrare i giovani italiani a Loreto, e nel 2012 In occasione del 50º anniversario della visita di Giovanni XXIII, Papa Benedetto XVI si recò a Loreto per celebrare la messa e visitare la Santa Casa per affidare alla Santa Vergine l’Anno della fede.
Papa Francesco ha vistato Loreto il 25 marzo del 2019 per firmare ai piedi di Maria il documento nato dal Sinodo dei giovani, ha deciso che la festa della Madonna di Loreto deve essere celebrata in tutta la Chiesa, aggiunto delle Litanie a quelle tradizionali e infine concesso il giubileo per i cento anni dell’affidamento a Maria di Loreto degli aviatori e di chi viaggia nel cielo e lo ha prorogato di un anno dopo la pandemia.
