La Signatura gratiae, trasformata da Sisto V (22 genn. 1588) in una Congregazione, perdeva la sua importanza con lo sviluppo della Dataria, alla quale dai tempi di Clemente IX (1667-69) e nel sec. XVII passarono quasi tutte le concessioni di grazie.
San Pio X ricostituì nel 1908 un'unica Segnatura Apostolica come Supremo Tribunale, trasformandola in un consesso di 6 Cardinali, dei quali uno fungeva da Prefetto. Ma con il Codice di Diritto Canonico del 1917 il numero dei membri è stato reso indefinito. Benedetto XV ricompose il collegio dei votanti e quello dei referendari.
San Giovanni Paolo II, con la Costituzione Apostolica Pastor Bonus del 28 giu. 1988, precisò ulteriormente le competenze della Segnatura. Benedetto XVI, con la Lettera Apostolica Antiqua ordinatione del 21 giu. 2008, promulgò la Lex propria che regge questo Supremo Tribunale. Papa Francesco nel 2022, ha confermato le competenze finora attribuite.
Le funzioni sono quelle di Supremo Tribunale della Chiesa e provvede, altresì, alla retta amministrazione della giustizia nella Chiesa.
In giurisdizione ordinaria giudica le querele di nullità e le richieste di restitutio in integrum contro le sentenze della Rota Romana; i ricorsi, nelle cause sullo stato delle persone, contro il diniego di nuovo esame della causa deciso dalla Rota Romana, le eccezioni di suspicione e altre cause contro i giudici della Rota Romana per atti posti nell'esercizio della loro funzione; i conflitti di competenza tra Tribunali che non dipendono dal medesimo Tribunale d'appello.
Quale Tribunale amministrativo per la Curia Romana giudica: i ricorsi contro atti amministrativi singolari, sia posti dai Dicasteri e dalla Segreteria di Stato che da essi approvati, e la riparazione degli eventuali danni recati con l'atto di cui si tratta; le controversie amministrative deferite dal Romano Pontefice o dalle Istituzioni curiali; i conflitti di competenza tra i Dicasteri e tra questi e la Segreteria di Stato.
La Segnatura Apostolica, in quanto organo amministrativo di giustizia in materia disciplinare esercita la vigilanza sull'amministrazione della giustizia nei vari Tribunali ecclesiastici; giudica circa le petizioni per il deferimento della causa alla Rota Romana; giudica circa qualsiasi richiesta relativa all'amministrazione della giustizia; proroga la competenza dei Tribunali di grado inferiore; concede l'approvazione del Tribunale di appello; approva, se riservato alla Santa Sede, l'erezione di Tribunali interdiocesani, intereparchiali, interrituali, regionali, nazionali e sovranazionali.
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