Dieci anni dopo Papa Giovanni Paolo II lo chiamò in Vaticano quale Presidente del Pontificio Consiglio della Giustizia e della Pace.
Dopo aver predicato gli esercizi spirituali alla Curia Romana nella Quaresima del 2000, l'anno successivo venne creato Cardinale di Santa Romana Chiesa, della diaconia di Santa Maria della Scala.
Il 16 settembre 2002 si spense a Roma dopo una lunga malattia.
Il Cardinale Văn Thuận "lascia il ricordo indelebile di una vita spesa nella adesione coerente ed eroica alla propria vocazione quale sacerdote attento alle necessità del popolo cristiano e pastore pieno di zelo per il Vangelo e sempre fedele alla Chiesa anche nel duro tempo della persecuzione", le parole di cordoglio di Giovanni Paolo II.
Nell'omelia della messa esequiale il Papa ricordava il testamento del porporato che "si chiude con una triplice raccomandazione: amate la Vergine Santa e abbiate fiducia in San Giuseppe, siate fedeli alla Chiesa, siate uniti e siate caritatevoli verso tutti. C’è qui in sintesi la sua stessa esistenza".
Nel 2010 si è aperta la causa di beatificazione e il 4 maggio 2017 Papa Francesco ha autorizzato la Congregazione per le Cause dei Santi a pubblicare il decreto che ne attesta le virtù eroiche.
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