Nel 1941 Cracovia, come tutta la Polonia fu occupata dai tedeschi. Karol Wojtyla, per non essere arrestato, lavorava come operaio nelle cave alla periferia della città. Karol abitava in un appartamento in ul. Tyniecka 10, con il padre, Karol senior, già ammalato. Il 18 luglio 1941 un giovane operaio, di ritorno dal lavoro, fece un salto dalla famiglia Kydryński, che abitava in via Felicjanek 10.

Karol era amico di Juliusz Kydryński - futuro scrittore, traduttore e critico teatrale – fin dai tempi dell’Università Jagellonica. La madre di Juliusz, la signora Aleksandra, preparava spesso da mangiare per i Wojtyla. Quel giorno Karol comprò le medicine per suo padre nella farmacia e poi, insieme alla sorella di Juliusz, Maria presero i contenitori con il cibo e si recarono nell’appartamento di Wojtyła. Maria doveva riscaldare la cena per il padre di Karol.

Quando sono entrati a casa, l’hanno trovato morto. Karol, piangendo, disse a Maria tra le lacrime: "Non c'ero quando morì mia madre, non c'ero quando morì mio fratello, non c'ero quando morì mio padre". Tutta quella tragica notte d’inverno Karol, accompagnato da Juliusz Kydryński, pregò inginocchiato accanto al corpo del padre defunto. Karol Wojtyła aveva solo 21 anni quando rimase solo al mondo. Nel 1994, durante una conversazione con gli amici, parlando di quella notte Giovanni Paolo II confessò: “Non mi sono mai sentito così solo”.

Il funerale ebbe luogo il 22 febbraio 1941 nel cimitero di Rakowicki, dove Karol senior fu sepolto in una tomba accanto alla moglie, Emilia, e al figlio, Edmund. Oggi questa tomba è diventata un luogo di pellegrinaggio: molti fedeli vengono qui per rendere omaggio ai familiari di san Giovanni Paolo II e per pregare.